Существует ряд противопоказаний для методики голодания Щенникова:

• различные психические заболевания и отклонения;
• беременность;
• заболевания почек;
• гемофилия;
• общее ослабление организма на фоне резкого снижения давления;
• ДЦП;
• заболевание щитовидной железы;
• крупноочаговый инфаркт миокарда;
• сердечная недостаточность III степени;
• рак печени;
• тромбоз;
• дистрофия.

Голодание Щенникова ломает традиционные понятия и представления о физиологии человека и механизмах развития заболеваний. Данный метод голодания дает возможность пересмотреть систему способов и подходов лечения тяжелых заболеваний без назначения лекарственных средств.